實驗基本原理
RNA可以使用非變性或變性凝膠電泳進行檢測。在非變性電泳中，可以分離混合物中不同分子量的RNA分子，凡是無法確定分子量。只有在變性情況下，RNA分子完全伸展，其泳動率才與分子量成正比。
判斷RNA提取物的完整性是進行電泳的主要目的之一。完整的未降解的RNA制品的電泳圖譜應可清晰看到18s rRNA、28s rRNA、5s rRNA的三條帶，且28s rRNA的亮度應為18s rRNA的兩倍。
實驗試劑
1、0.1%DEPC水：200ml雙蒸去離子水加0.2mlDEPC焦炭酸、二乙酯混勻，室溫放置過夜，高壓滅菌。
2、10x電泳緩沖液：嗎啉代丙烷磺酸（MOPS）0.4mol/L（pH 7.0）；NaAc 0.1mol/L；乙二胺四乙酸(EDTA) 10mmol/L；
3、50mL變性瓊脂糖凝膠（1%）：10x電泳緩沖液5 mL；瓊脂糖0.5 g；0.1%DEPC水36.5 mL；加熱溶解，稍冷卻，加入8.5 ml 37%甲醛。
4、上樣緩沖液（染料）：50%甘油，1mmol/LEDTA，0.4% 溴酚蘭，0.4%二甲苯藍。
5、甲酰胺（去離子）。v電泳槽清洗：去污劑洗干凈（一般浸泡過夜）——水沖洗——乙醇干燥——3%H₂O₂灌滿——室溫放置10分鐘——0.1%DEPC水沖洗。
操作步驟
1、將制膠用具用70%乙醇沖洗一遍，晾干備用。
2、制膠：稱取0.5g瓊脂糖粉末，加入放有36.5mL的DEPC水（蒸餾水40ml）的錐形瓶中，加熱使瓊脂糖完全溶解。稍冷（60~70°）卻后加入5ml的10x電泳緩沖液、8.5（9）ml的甲醛（+0.5μl溴化乙錠）。然后在膠槽中灌制凝膠，插好梳子，水平放置待凝固后使用。
3、加樣：在一個潔凈的小離心管（DEPC處理過的500μl的）中混合以下試劑：電泳緩沖液（10x）2μl、甲醛3.5ml、甲酰胺10ml（μl）、RNA樣品3.5（4.5）μl。混勻，置60℃保溫10min，冰上速冷。加入3μl的上樣緩沖液（染料）混勻，取適量加樣于凝膠點樣孔內。同時點RNA標準樣品。
4、電泳：打開電泳儀(電泳槽內加入1XMOPS緩沖液)，穩壓7.5V/cm（ml）電泳。
5、電泳結束后通過紫外透視儀觀察。
注意事項
本實驗中必須保持RNase污染以免RNA降解。所有試劑用DEPC水配制，用具也用DEPC水沖洗，并滅菌。
①電泳RNA所用器械如制膠的模具、梳子、電泳槽等用肥皂粉洗干凈后用雙蒸水沖洗二遍后在室溫晾干備用。
②用新的1XTBE配制1.2%瓊脂糖凝膠，倒膠時溴化乙錠（EB）直接加入凝膠中。
③制備好的瓊脂糖凝膠板放入電泳槽后再加入經高壓滅菌過的1XTBE，液面只能剛好同膠面平齊，緩沖液不要淹過膠面。
④點樣時，樣品RNA每10μl加入2μl上樣緩沖液，上樣緩沖液是用DEPC處理的水配制的50%甘油，另外單獨點一樣品孔含有3μl溴酚藍的上樣緩沖液作為電泳指示劑，電泳電壓4V/cm，電泳時間2h左右便可取出凝膠在紫外燈下觀看所提取的RNA的質量或進行拍照記錄。