電泳使用完全不同的分離機制。這對分離科學家有很多好處。直到毛細管電泳（CE）和毛細管電色譜（CEC）的出現，電泳不能自動化，對于小分子的分析不夠精確，并且僅限于用于蛋白質和其他生物分子。
 
CE和CEC已經改變了這一點。這兩種技術都可以輕松實現自動化并且非常精確（與HPLC相同）。強大而可靠的分離科學家現在將電泳用作小分子和大分子的技術。
電泳是與色譜分離完全不同的機制。應該用于以下原因：
非色譜。提供不同的信息。應與色譜一起使用。
需要小樣本量。提供之前不可能的樣本分析。
低成本。CE和CEC的成本是在色譜中使用的溶劑的購買和處理成本中實現的。
適用于在色譜（蛋白質，多肽，核酸，堿性藥物，手性化合物）中呈現昂貴和耗時挑戰的化合物，
易于開發的分析方法。