與其他分析方法（如HPLC，GC，SDS-PAGE）相比，毛細管電泳提供了更多的優勢，其中包括分析速度，分析成本和簡單的方法開發。首先考慮的是所需系統的類型。毛細管電分離有多種方法，包括毛細管區帶電泳，毛細管等電聚焦，毛細管凝膠電泳儀等。第二個考慮因素是系統的吞吐量; 儀器可以運行多少個樣品。