許多人都熟悉使用凝膠電泳分離大分子（如DNA）的方法。但是，凝膠電泳也可以用于分離蛋白質。

不同的蛋白質具有不同的大小，主要是由于氨基酸蛋白質上的其結構中構件的數量。附著的化學修飾也會影響其大小。不同的蛋白質也具有不同的電荷。這可能是由于用于構建它們的氨基酸類型以及與它們連接的修飾類型所致。

不同類型的電泳凝膠用于提供不同類型的信息。因此，您選擇的凝膠類型取決于您要提問的類型。

大小分離

蛋白質電泳

SDS-PAGE凝膠電泳從不同種類鯊魚的血液中分離蛋白質

通常，由聚丙烯酰胺制成的凝膠根據其不同大小用于分離蛋白質。通常，首先要對蛋白質進行加熱處理，然后再加入一種稱為SDS的化學物質為了以解開蛋白質。SDS是一種去污劑，可使所有蛋白質具有相同的整體負電荷，因此，當電流施加到凝膠上時，分離僅是由于蛋白質的大小。該技術稱為SDS-PAGE（SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳）。

小蛋白分子在凝膠中的移動比大蛋白更快，從而形成一系列“條帶”。每個條帶包含特定大小的蛋白質。這些可以與已知大小的標準進行比較。

SDS-PAGE凝膠已用于根據大小分離蛋白質。樣本是各種鯊魚的血液種。第一泳道包含已知大小的標記。大蛋白在凝膠的頂部，小蛋白在底部。

該技術可能用于許多目的，包括純化特定的蛋白質，例如分離酶食品工業中的蛋白質。

電荷和pH分離

等電聚焦（IEF）和瓊脂糖凝膠電泳是蛋白質可通過其不同電荷分離的兩種方法。與SDS-PAGE不同，蛋白質通常保持其天然（折疊）狀態。所用凝膠的類型以及凝膠周圍的溶液也不同。

在瓊脂糖凝膠電泳中，蛋白質裝載在孔的中間。帶有強負電荷的蛋白以最快的速度向凝膠的正側移動，而帶正電荷的蛋白則以相反的方向移動。

這種技術可以用于具有相同分子量的蛋白質分開重量但不同電荷，或當大小并不重要（例如對疾病的發展過程中在不同的蛋白質的存在的變化看）。