瓊脂糖凝膠電泳的優點

• 對于大多數應用，僅需要單組分瓊脂糖，不需要聚合催化劑。因此，瓊脂糖凝膠制備簡單，快速。
• 凝膠易于倒入，不會使樣品變性。
• 樣品也可以回收。

瓊脂糖凝膠電泳的缺點

• 凝膠在電泳過程中會融化。
• 緩沖區可能耗盡。
• 不同形式的遺傳物質可能以不可預測的形式運行。