酸酶（DNase，RNase）
通過凝膠電泳分析的DNA和RNA分子必須保持完整。有害核酸酶的存在會降解樣品中的核酸，并且不會檢測到目標分子。（有關更多信息，請參閱關于無RNase的水的單獨部分）。
離子/金屬
必須保持用于制備凝膠和運行緩沖液的緩沖液的離子強度和pH值。高水平離子的存在會改變溶液的離子強度。
細菌
被細菌污染的水可能包含降解副產物，如核酸酶和離子，如前所述，它們會影響核酸的凝膠電泳。
在實驗中，來自大腸桿菌的 rRNA將其加載到瓊脂糖凝膠上。用兩種類型的水制備凝膠和緩沖液：純凈水（類型2）和超純水（類型1）。結果如圖1所示。在超純水制備和運行的凝膠中，獲得了更高的信號/譜帶強度。
圖1：rRNA的瓊脂糖凝膠電泳。使用純凈和超純水制備凝膠和緩沖液。超純水的帶強度較高。
